يُعتبر معهد باستور في المغرب مؤسسة عمومية تتمتع بشخصية قانونية واستقلال مالي، ويعمل تحت إشراف إداري من وزارة الصحة. وهو مخول لممارسة وظائف مؤسسة صيدلانية صناعية، وفقًا للقانون 17-04 من مدونة الطب والصيدلة، التي تصنفه على هذا النحو.
منذ سبتمبر 2018، وتحت قيادة البروفيسور عبد الرحمان معروفي، يهدف المعهد إلى: